Sungai Muda dipercayai turut terletak di dalam kawasan lingkungan kerajaan lama Hindu-Buddha yang bertapak di Lembah Bujang sekitar abad ke-3 Masihi. Sejarawan percaya muara sungai ini yang lebar dan dalam pada suatu ketika dahulu membolehkan kapal-kapal pedagang singgah dan berlabuh di pelabuhannya sebelum meneruskan perjalanan mereka samada ke subbenua India di sebelah barat atau negeri China di sebelah timur.

Menurut catatan sejarah, sungai ini turut menyaksikan satu pertempuran berdarah di antara Daeng Perani dan Raja Kechil. Daeng Perani, seorang bangsawan Bugis telah bersetuju membantu seorang putera raja dari negeri Kedah merebut takhta daripada adindanya. Daeng Perani menulis kepada Raja Kechil bagi membahagi-bahagikan tugas dan kawasan pengaruh bagi mengelakkan sengketa di antara mereka lebih-lebih lagi setelah Raja Kechil dikalahkannya sebelum ini sekitar tahun 1722 ketika konflik perebutan takhta Johor. Di dalam pertempuran itu, Daeng Perani baru sahaja mahu melabuhkan kapalnya sebelum dibedil meriam milik Raja Kechil.[1]